問題点

使用方法について
設計開発段階などで、ISO14971等の規格に基づきリスクマネジメントは行われるが、コンタクトレンズは眼に接触することが引き起こすリスクは無にはならない。
診療報酬について
眼鏡で矯正できるのに美容上の目的でコンタクトレンズを使用する場合の検診に健康保険を適用することが保険財政の無駄遣いだとして問題視され、厚生労働省は2006年度から個別検査料の点数加算方式を改め、「コンタクトレンズ検査料」を新設した。初診は387点（コンタクトレンズ患者が70%以上の診療所では193点）とし、何らかの疾病を伴なう再診は112点（同56点）となり、大幅な保険料削減策を取った。これにより、全額自己負担（自由診療化・保険外診療）とする診療所も出てきている。高額化した検診を嫌って検診を受けないままコンタクトレンズを使用する者が増加し、コンタクトレンズによる眼障害が増えることが予想されるとして反対する意見もある。しかし、薬事法上コンタクトレンズの購入にあたって医師の診療は必要なく、消費者が自由に購入できることとなっている。
また、医療と販売の分離の原則より、保険適用の眼科施設にての販売および特定の販売店舗への利益誘導は行政指導の対象となり、さらには眼科医院と販売店の間の個人情報の不適切な取扱なども問題である。しかしながら多くの眼科施設においては装用指示文書の発行を拒否するなど、医販分離の理念は徹底されていない。
これらの諸問題の解決を図る法制度の整備が求められている。
なお2006年度から、乳幼児の弱視や先天性白内障手術後の治療用コンタクトレンズと眼鏡には、保険適用されるようになった。詳しくは弱視#保険機関の対応を参照。
また、2008年度よりさらにコンタクトレンズ検査に関する診療報酬は削減されている。